《联邦调查局》第九季继续围绕纽约分局精英探员展开。OA 因拒绝参与掩盖生物武器泄漏事件而陷入职业危机，新季转入卧底任务；搭档玛姬则必须适应新探员以赛亚·格林。首集从一名年轻旅行者在州立公园遭枪杀开始，调查发现，她曾目睹一名涉及政府绝密项目的人遭到处决。随着线索指向情报机构，团队在追查凶手的同时，也面对保密命令与执法职责的冲突。本季延续反恐、有组织犯罪和反间谍案件，并进一步考验探员之间的信任与职业底线。